สำนักเลขาธิการ หรือ สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC (Secretariat) จัดตั้งขึ้นภายใต้อนุสัญญา IPPC มาตรา 12 โดยเลขาธิการ FAO ได้ลงนามตั้งสำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC เมื่อ พ.ศ.2535 (ค.ศ.1992) เพื่อสร้างบทบาทของอนุสัญญา IPPC ให้มีผลในทางปฏิบัติต่อประเทศภาคีสมาชิก
คณะทำงานของสำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC ประกอบด้วย เลขาธิการ (Secretary) 1 คน ผู้ประสานงาน (Coordinator) 1 คน และเจ้าหน้าที่ประจำที่อยู่ภายใต้ FAO และเจ้าหน้าที่ชั่วคราวที่จัดหามาจากประเทศภาคีสมาชิก สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC รับผิดชอบเป็นฝ่ายเลขานุการในการจัดประชุม คณะกรรมาธิการมาตรการสุขอนามัยพืช (CPM) นำนโยบายและกิจกรรมต่างๆที่เป็นมติของ CPM ไปสู่การปฎิบัติ และทำหน้าที่เผยแพร่ข้อมูลแก่ประเทสภาคีสมาชิก เช่น
