ตามมาตรา 10 ของอนุสัญญา IPPC กำหนดให้ประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC ร่วมกันจัดทำมาตรฐาน ISPMs ตามขั้นตอนที่ได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมาธิการด้านมาตรการสุขอนามัยพืช (CPM) ซึ่งการประชุม CPM ครั้งที่ 11 พ.ศ. 2559 มีมติยอมรับการปรับปรุงหลักเกณฑ์และกระบวนการจัดทำมาตรฐาน ISPMs และให้มีการปรับปรุงทุกเดือนกันยายนของทุกปี สำหรับขั้นตอนการจัดทำมาตรฐาน ISPMs ต่อไปนี้สรุปจาก IPPC Procedure Manual for Standard Setting ปี 2016 -2017 ซึ่งแบ่งเป็น 4 ระยะ ได้แก่
ระยะที่ 1 : การจัดทำรายการหัวข้อมาตรฐานที่จะจัดทำ (Developing the List of topics for IPPC standards) มี 2 ขั้นตอน
ขั้นคอนที่ 1 : Call for topics ทุก 2 ปี สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC ดำเนินการหาหัวข้อมาตรฐาน ISPMs ที่เป็นเรื่องใหม่ หรือเรื่องที่ต้องการปรับปรุง หรือเรื่องที่ต้องการคำอธิบายเพิ่ม เอกสารแนบ เอกสารแนะนำเพิ่มเติม จากประเทศภาคีสมาชิก และองค์กรอารักขาพืช ระดับภูมิภาค ทั้งนี้ประเทศหรือองค์กรที่ยื่นต้องแนบร่างกรอบเนื้อหา (draft specification) ของหัวข้อที่เสนอ และหัวข้อที่เสนอมาจะผ่านการพิจารณาจากคณะกรรมการพิจารณามาตรฐาน (SC) เพื่อจัดลำดับความสำคัญและเสนอให้คณะกรรมาธิการด้านมาตรการสุขอนามัยพืช (CPM) พิจารณา
ขั้นตอนที่ 2 : Annual review of the List of topics for IPPC standards หัวข้อมาตรฐาน ISPMs ที่เป็นเรื่องใหม่ หรือเรื่องที่ต้องการปรับปรุง หรือเรื่องที่ต้องการคำอธิบายเพิ่ม เอกสารแนบ เอกสารแนะนำเพิ่มเติม จากขั้นตอนที่ 1 SC จะนำมาทบทวนอีกครั้งทุกปี เพื่อปรับปรุงหรือเปลี่ยนแปลงหรือยกเลิก และเสนอให้ CPM พิจารณา
ระยะที่ 2 : การยกร่าง (Drafting)
ขั้นตอนที่ 3 : Development of a specification เมื่อ CPM พิจารณาเห็นชอบให้จัดทำมาตรฐาน ISPMs ตามหัวข้อที่ได้จากขั้นตอนที่ 2 แล้ว SC เสนอให้มีผู้จัดการ (steward) 1 คนเพื่อประสานงานแต่ละหัวข้อ และเมื่อ SC พิจารณาเห็นชอบ draft specification ของหัวข้อมาตรฐาน ISPMs ที่เป็นเรื่องใหม่ จะส่งให้สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC เสนอเวียนขอข้อคิดเห็นจากประเทศภาคีสมาชิกเป็นระยะเวลา 60 วัน และรวบรวมข้อคิดเห็นดังกล่าวให้ SC พิจารณาอีกครั้งเพื่อให้การเห็นชอบ
ขั้นตอนที่ 4 : Preparation of a draft ISPM คณะผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้าน (Expert Working Groups, EWGs) แต่ละคณะที่ได้รับคัดเลือกจาก SC ดำเนินการยกร่างมาตรฐาน ISPMs แต่ละเรื่องที่เกี่ยวข้องตามสาระใน draft specification ที่ได้จากขั้นตอนที่ 3 และส่งให้ SC พิจารณาว่าควรส่งร่างมาตรฐาน ISPMs ให้ประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC ให้ข้อคิดเห็นต่อไปหรือไม่
ระยะที่ 3 : การปรึกษาหารือและการทบทวน (Consultation and review)
ขั้นตอนที่ 5 : First consultation สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC ส่งร่างมาตรฐาน ISPMs ที่ SC เห็นชอบเวียนให้ประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC องค์กรอารักขาพืชระดับภูมิภาค รวมทั้งองค์กรอื่นๆที่เกี่ยวข้องให้ข้อคิดเห็น ระยะเวลา 90 วัน โดยใช้ระบบ Online Comment System (OCS) ข้อคิดเห็นรอบแรกที่ได้รับจะถูกรวบรวมส่งให้ SC พิจารณาเพื่อปรับปรุงและเสนอให้สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC ส่งเวียนขอข้อคิดเห็นรอบสอง ต่อไป
ขั้นตอนที่ 6 : Second consultation สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC ส่งร่างมาตรฐาน ISPMs ที่ SC ปรับปรุงจากรอบที่ 1 เวียนให้ประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC องค์กรอารักขาพืชระดับภูมิภาค รวมทั้งองค์กรอื่นๆที่เกี่ยวข้องให้ข้อคิดเห็น ระยะเวลา 90 วัน โดยใช้ระบบ Online Comment System (OCS) ข้อคิดเห็นรอบสองที่ได้รับจะถูกรวบรวมส่งให้ SC พิจารณาอีกครั้งเพื่อเสนอให้สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC บรรจุเข้าวาระการประชุมคณะกรรมาธิการด้านมาตรการสุขอนามัยพืช (CPM) ให้การยอมรับต่อไป
สำหรับร่างมาตรฐาน Diagnostic protocol ของศัตรูพืชเฉพาะชนิด ซึ่งเป็นเอกสารแนบ (Annex) ของ ISPM หมายเลข 27 สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC จะส่งเวียนรอบเดียว และหากไม่มีข้อคิดเห็นขัดแย้ง SC สามารถให้ความเห็นชอบและนำแจ้งให้ที่ประชุม CPM ทราบ
สำหรับร่างมาตรฐาน Phytosanitary treatment ของศัตรูพืชเฉพาะชนิด ซึ่งเป็นเอกสารแนบ (Annex) ของ ISPM หมายเลข 28 สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC จะส่งเวียนสองรอบเช่นเดียวกับ draft ISPMs
ระยะที่ 4 : การยอมรับและการพิมพ์เผยแพร่ (Adoption and publication)
ขั้นตอนที่ 7 : Adoption สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC ส่งร่างมาตรฐาน ISPMs ที่ SC เห็นชอบ เวียนให้ประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC ก่อนการประชุม CPM เป็นเวลา 6 สัปดาห์ ผ่านทางเว็บไซด์ IPPC หากไม่มีการคัดค้านอย่างเป็นทางการของประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC การประชุม CPM จะให้การยอมรับเป็นมาตรฐาน ISPMs ทั้งนี้ประเทศภาคีสมาชิกอนุสัญญา IPPC สามารถยื่นเสนอข้อคัดค้านต่อร่างมาตรฐาน ISPMs ได้ภายใน 3 สัปดาห์ ก่อนการประชุม CPM ซึ่งข้อคัดค้านนั้นจะได้รับการบรรจุเข้าสู่วาระการประชุม CPM เพื่อพิจารณาว่าจะดำเนินการอย่างไรต่อไป
ขั้นตอนที่ 8 : Publication สำนักเลขาธิการอนุสัญญา IPPC นำมาตรฐาน ISPMs ที่ได้รับการยอมรับจากที่ประชุม CPM เผยแพร่สู่สาธารณะ เป็นภาษา FAO ทั้ง 6 ภาษา